Rock (Okajima Rokuro) era un hombre japonés de negocios normal y corriente, pero una serie de acontecimientos improbables le llevaron a formar parte de la "Lagoon Company", un grupo de transportistas que se dedica a la piratería. Junto con Dutch, Revy y Benny, surca los mares de Asia a bordo del torpedero modificado "Black Lagoon". Su base, la ciudad sin ley de Roanapur, está apenas equilibrada al borde de la guerra abierta, controlada y ocupada por organizaciones criminales de todo el mundo. Por encima del resto están Balalaika de Rusia y Chang de Hong Kong. Nuestra historia se sitúa en Roanapur poco antes de que Rock, con Revy a cuestas, regrese a Japón, su antiguo hogar. Es una historia sobre soldados que una vez lucharon unidos bajo una causa en una tierra de vientos arenosos, el reencuentro estrictamente personal de una capitana y su otrora subordinada...