Daihaseisai se está acercando a Ciudad Academia. Un joven, Kamijou Touma, y ​​la hermana que memorizó por completo 103.000 grimorios, como de costumbre, están disfrutando de su tiempo después de la escuela. Sin embargo, Kamijou toca accidentalmente algo que es de Necessarius , y Stiyl Magnus de la Iglesia del Mal Necesario ataca a Kamijou. Un mago ha irrumpido en Ciudad Academia, y esa es la razón por la que Stiyl vino, para eliminar a la persona. Una cábala mágica basada en la mitología india, conocida como la " Puerta de los dioses que vienen de los cielos ", fue formada por magos que aborrecen la ciencia. El hechizo mágico, "Festival de fuego de Agni" fue colocado en Ciudad Academia con el objetivo de una destrucción masiva. Stiyl y Kamijou entran en acción para rastrear, ¿luego se encuentran con una chica marrón con un uniforme de marinero con mucha exposición ...? Cuando la ciencia y la magia se cruzan, la historia comienza.