Las tensiones aumentan cuando el gigante negro Armaros se cierne amenazadoramente sobre el planeta Tierra, armado con la poderosa Lanza de Longinus. Los pilotos corren para evitar el desastre, pero Rei Quatre lanza una llave inglesa a sus planes secuestrando a Misato! Mientras tanto, Shinji se enfrenta a un extraño Evangelion blanco que se parece al Eva-02, pilotado por una cara familiar. ¿Podrán Shinji y sus amigos salvar el mundo una vez más, o las fuerzas que se despliegan contra ellos son demasiado fuertes esta vez?