Después de detener el proyecto de instrumentalización humana, Shinji, Asuka Y Rei junto con los demás llevan una vida tranquila, hasta que tres años después de la batalla en el cuartel general de NERV aparece una figura misteriosa llevándose la calma que reinaba sobre Tokio 3. NERV ahora a cargo de la Comandante Misato Katsuragi llevara a cabo las tácticas necesarias para mantener el planeta a salvo ... A menos hasta que así sea posible.