En el más allá, los ángeles pelean por su destino y su futuro. Yuri, la líder del Shinda Sekai Sensen (Frente de Batalla del Más Allá) se rebela ante el Dios que la destinó a tener una vida irrazonable. Por el otro lado, Tenshi, la presidenta del Consejo Estudiantil en ese mundo del Más Allá lucha contra los miembros del SSS. Angel Beats! Heaven"s Door está basado en la novela Angel Beats! Track Zero.