Kanokon trata sobre Oyamada Kouta, un joven estudiante de primer año de preparatoria que se transfiere a la academia Kunpo. En su primer día de clases, una simpática estudiante de segundo año llamada Chizuru Minamoto le pide que vaya en su encuentro, solo, en la sala de música para conocerse. Cuando él llega, ella le confiesa que está enamorada de él y accidentalmente le revela que ella es en realidad una Zorra. Poco después de que la historia comience, una deidad lobo llamada Nozomu Ezomori se transfiere a la escuela. A partir de ese día, su vida se verá interrumpida por estas dos deidades, quienes competirán para decidir quien le corresponde a Kouta.