Los Repliroid, que fueron desarrollados para proteger a los humanos, comenzaron a atacar a la humanidad, alegando que eran superiores a los humanos. Sin embargo, el Dr. Right, previendo lo peor, dejó a Rockman X, el Repliroid más poderoso de todos, como una última carta de triunfo para proteger a la humanidad. ¿Podrán X y Zero derrotar alguna vez a Sigma, el enemigo más fuerte que ve a los humanos como Irregulares y conspira para acabar con la humanidad?