Miku es atraída por el "Senbonzakura" a la era Taisho. Es un mundo donde la gente está asustada por un terror no identificado llamado [Sombras]. En un principio, Miku formaba parte del [Kamitsuki Special Sakura Platoon], cuyo objetivo era derrotar a las [Sombras], pero fue sustituida por [Hatsune Miku] (Acá el chiste se pierde un poco, pero sus nombres en el idioma original se escriben diferente aunque suenan igual), una joven de la era Heisei. Un día, una compañía de fenómenos llamada [Circo] llega a la capital imperial. Al mismo tiempo, la Capital Imperial vuelve a ser visitada por el terror de las [Sombras]. ¿Están ambas cosas relacionadas? ¿Y cuál es la relación entre el [Circo] y los pequeños gemelos Kagamine, Rin y Len?