Strike Witches cuenta la historia de un grupo de chicas que luchan para proteger el mundo utilizando una combinación de magia y tecnología. Las Strike Witches son mujeres jóvenes con alto potencial mágico que son reclutadas en las fuerzas armadas de todo el mundo para luchar contra los Neuroi,que comenzaron a invadir el territorio de los humanos en el año 1939. Estos enemigos aparecen con frecuencia y sin previo aviso en muchas zonas del mundo a lo largo de la historia. Con el fin de poner de manifiesto su potencial para el uso en la batalla, cada Witch va equipada con una máquina única en sus piernas: la Unidad Striker. Con esta unidad, adquieren la capacidad de volar y su potencial mágico aprovecha la fuerza para utilizar armas demasiado pesadas y poderosas para una persona normal.