Sucede tras la desaparición de Shinya Kōgami, en Psycho-Pass. Akane Tsunemori es ahora una ya experimentada inspectora, y Yayoi Kunizuka junto con Nobuchika Ginoza son los únicos integrantes de su antigua unidad que quedan, Ginoza ahora como ejecutor. Por esto ahora la unidad 1 cuenta con nuevos integrantes. La unidad 1 de la oficina de seguridad pública comienza a investigar un caso que apunta a un misterioso criminal que, al parece, es capaz de "aclarar" el matiz del Psycho-Pass de las personas.