La historia sigue a una adolescente con los "Ojos Místicos de la Percepción de la Muerte", una habilidad sobrenatural que le permite ver la "muerte" de todo y eliminarlo destruyendo su "origen". Después de recuperarse de un coma de dos años debido a un accidente de tráfico, descubre que ya no puede sentir la presencia de su otra personalidad, Shiki masculino. Antes del accidente, ella ya tenía dos personalidades, una masculina llamada Shiki y una femenina llamada Shiki original. Los niños en la familia Ryōgi suelen tener dos personalidades, siendo la masculina llamada "yang" y la femenina llamada "yin". La Shiki actual, después del coma, siente un desapego de sus recuerdos previos al accidente y asume que la otra Shiki murió en el accidente. Aunque intenta actuar como lo hacía la Shiki femenina para recuperarse, se percibe a sí misma de manera diferente. Tōko, otro personaje, entiende el desapego que siente Shiki, pero la considera una tercera y nueva personalidad en lugar de la Shiki original. La trama se centra en la protagonista tratando de reconciliar sus dos identidades y recuperarse a sí misma.