Tokio, 2049 ... Gracias a la reforma Galápagos promulgada por el gobierno, Rusia, China, Estados Unidos y Japón ahora están conectados mediante un sistema Hyperductos. Esta globalización ha convertido a Tokio en la ciudad más criminal del mundo. Para luchar contra el creciente crimen, se necesita a los que han estado trabajando en las sombras desde el período Sengoku ... ¡Ellos son ... los Shinobi!