En Shinichi Kudo és un estudiant d'institut de 17 anys apassionat dels misteris. És indiscutiblement famós a causa de la seva intel·ligència i agudesa, i això li permet ser conegut com un detectiu per vocació que ajuda desinteressadament a la policia en els casos més difícils. En Shinichi és un gran admirador del famós detectiu Sherlock Holmes i està disposat a convertir-se en el nou Holmes del segle XX. Un dia, mentre era al parc d'atraccions Tropical Land amb la seva amiga d'infantesa Ran Mouri, van presenciar, a la muntanya russa, una brutal decapitació d'un home, de la qual en Shinichi en va descobrir de seguida el culpable. Després, mentre tornaven a casa, ell va observar, en secret, un tracte sospitós entre uns homes vestits de negre. M'entre un d'ells feia un intercanvi, el va descobrir i el va colpejar. Tot seguit li va fer prendre un verí experimental anomenat APTX4869 (Apotoxina 4869), amb la intenció de matar-lo sense deixar rastre a l'autòpsia.