Mientras el mundo sigue cambiando como siempre, la carrera internacional por construir una maquina del tiempo ha comenzado luego de que el Dr, Nakabachi derrotase a Rusia con la Tesís de Makise Kurisu sobre viajes en el tiempo. Solo unos meses despues de haber fallado en salvar a Kurisu, Okabe Rintarou conoce a Hiyajou Maho, la superior de Kurisu de su universidad en Estados Unidos, con quien ella habia estado investigando la I.A. Amadeus Primera parte de Epigraph Trilogy, ocurriendo durante el invierno de 2010 en el Campo de Atracción Beta en la Linea de Divergencia Temporal 1.129848 y 1.130205%