Después de que el protagonista defienda a una mujer de ser molestado por el poderoso político Masayoshi Shido, este utiliza sus conexiones para que el protagonista quede acusado de asalto y ponerlo en libertad condicional, lo que resulta en la expulsión de su escuela. El protagonista es enviado a Tokio para quedarse con su amigo de la familia Sojiro Sakura y asistir a la Escuela Secundaria Shujin durante su período de prueba de un año. Después de su llegada, es llevado a la sala de terciopelo, donde Igor le advierte que debe "rehabilitar" para evitar la próxima ruina, y le da acceso a una aplicación móvil sobrenatural que lleva al protagonista al reino del Palacio, donde conocerá a Morgana, quien lo convence de formar los Ladrones Fantasmas de Corazones, robando así la corrupción de los corazones de los adultos en un intento de reformar la ciudad.