En el año 2048, Japón está conectado al continente euroasiático por unos ferrocarriles transcontinentales. La capital, Tokyo, se ha convertido en un lugar de criminales y terroristas. En la oscuridad de las zonas urbanas, ha aparecido una misteriosa presencia que ataca y masacra a la gente, pasando desapercibido, noche tras noche... ¿Qué son estas "cosas no humanas" que viven escondiéndose en el mundo humano? ¿Y quién es ese Origin que los enfrenta?