El manga sigue el punto de vista de Hajime Hinata, un chico que inicia su primer año en la Academia Pico de la Esperanza. Mientras camina por los interiores de la academia, sucumbe ante la fatiga y despierta en frente de una puerta. Al abrirla, encuentra un salón con sus nuevos compañeros dentro. Todos son encerrados en el salón y aparece un conejo rosa llamado Usami, quien afirma ser su profesora. De repente las paredes del salón de clases caen, revelando una isla paradisíaca . Usami les explica que todos están en un viaje de estudios y que deben entablar amistad unos con otros. Mientras se acostumbran a su vida en la isla, Monokuma aparece tomando control de la isla, obligando a todos a participar en un juego de asesinatos mutuos si desean escapar.