Taisho año 100. Tras la destrucción de la antigua capital, Tokio, en el Gran Desastre de Taisho, las estaciones pasan y una nueva capital, Ohkyo, se recupera milagrosamente en torno al cerezo sagrado conocido como "Senbonzakura". Sin embargo, tras el Desastre, los oscuros y malvados sucesos paranormales son cada vez más frecuentes y el Pelotón Especial Sakura de Kami-Tsuki toma cartas en el asunto para proteger la paz en la capital. Mientras tanto, en un día de primavera, Miku ha venido a ver los cerezos en flor con su familia. Al buscar a su hermana mayor, ella misma se pierde y se encuentra con un gigantesco cerezo. De repente, Miku se encuentra con ropa militar y bajo el ataque de un ninja transgénero. Y entonces es rescatada por las gemelas Rin y Len, que se autodenominan miembros del Pelotón Especial Sakura de Kamitsuki.