Black Jack es un cirujano capaz de obrar prodigios médicos, con un dominio del bisturí asombroso y unas manos delicadas y virtuosas. Pero también es un personaje oscuro y misterioso que pedirá sumas ingentes de dinero a cambio de sus servicios, además de ejercer ilegalmente y sin licencia médica. Este estatus era la forma que tenía Tezuka de expresar su desacuerdo con el sistema médico japonés y sus restricciones. Además, la mala fama y la dudosa moralidad de Black Jack permiten a Tezuka poner a muchos de sus personajes y pacientes en situaciones límite. El pasado de Black Jack se irá revelando poco a poco a lo largo de la historia, mezclado con múltiples casos de enfermedades y cirugías por los que irán desfilando los personajes más variopintos, algunos de ellos verdaderos tópicos sociales (hombres ricos y egoístas, madres que harían lo que fuera por salvar a sus hijos, políticos corruptos, parejas enamoradas, deportistas dispuestos a sacrificarlo todo con tal de obtener la victoria.