La historia revuelve sobre Gai Kudo, un travieso chico de 13 años que está solo en el mundo. Él desprecia a sus companeros de clase, quienes viven bajo su libre voluntad, aunque cuentan con el apoyo de sus padres, pero eso lo dan por sentando. Gai pronto se da cuenta que se está contradiciendo a él mismo ya que está siendo críado en un orfanato, y su situación no es tan diferente a la de sus companeros, por lo que hace un intento en independizarse. Sus acciones lo llevan a meterse en problemas, donde es acusado de cometer un asesinato y es enviado a un lugar en una locacion desconocida llamado "El instituto humano".