Este manga explica las aventuras de Ginji, un niño que se convierte en un Pokémon y entra en un Mundo Misterioso donde habitan los Pokémon. Estos Pokémon tienen problemas causados por un factor desconocido que deben averiguar. Pero antes, Ginji, convertido en un Torchic, deberá acostumbrarse a la vida como Pokémon. Junto a su compañero de equipo, un Mudkip, deberán ir al rescate de los Pokémon adentrándose en mazmorras.