Al final del milenio, la batalla decisiva por el futuro de los humanos se va a disputar. El destino de Kamui Shirou ha sido decidido mientras regresa a Tokio para enfrentarse a su desafío final. Los Dragones del Cielo, defensores de la tierra, se quedarán para proteger el mundo de los Dragones de la Tierra. Los siete ángeles legendarios, los cuales desean la devastación del planeta para purificarlo. Ahora Kamui debe decidir de qué lado luchar pero encontrará la idea completamente desapetecible. No lo decidirá hasta que dos amigos suyos de la infancia, Fuma y Kotori Monou, corran grave peligro. En ese momento, Kamui dará el paso hacia el lado que le está predestinado en la culminante lucha del año destinado: 1999