Sanctuary trata sobre la vida y sueños de Akira Hojo y Chiaki Asami. Repatriados de niños desde Camboya a Japón, su país natal, quedan sorprendidos por el sistema de vida japonesa. Acostumbrados a vivir en medio de la guerra y luchar por su superviviencia, se encuentran en un país de gente apasiguada y sin sueños, gobernados por un parlamento llenos de diputados ancianos y ambiciosos de poder y dinero. Tras investigaciones e intentos de cambiar las cosas, descubren que todo el sistema de poder japonés esta friamente hilado por yakuzas y políticos, que vapulean a la sociedad a su antojo, y se enfrentan y alían solamente para conseguir más poder. Siendo concientes de ellos, en la universidad comprenden que la única manera de cambiar las cosas es entrar y formar parte del juego, en pos a crear su propio santuario: Una sociedad viva y despierta que luche por sus sueños. Para ello, deciden que uno tendrá que convertirse en yakuza, y el otro en político, e intentar subir lo más rápidament