En agosto de 2019, los científicos reciben unas extrañas señales extraterrestres informándoles de una serie de castastrofes que azotarán el planeta. Después de eso, varias formas de vida extraterrestre entran en contacto con la raza humana, provocando que dichas personas se vean afectadas por el Tercer Ojo y desarrollen una serie de poderes. Algunos tienen la capacidad de moverse a la velocidad del sonido, otros puedes romper lo que sea con los dientes o poseer un arma capaz de cortar el acero. La historia sigue a Utsugi Minoru, un chico de diecisiete años que tiene la habilidad que siempre ha deseado: Solitude (codigo nombre: lsolator) y a Yumiko, miembro de una organización que observa a estos nuevos superhumanos. Sin embargo, las proezas dadas por Zettai naru Isolator dan lugar a una infinidad de batallas, donde Minoru será el protagonista.