No. 6 es el nombre de la sexta ciudad estado que se creó en el mundo para los supervivientes de una guerra nuclear. En esta ciudad que se supone utópica vive Shion, un niño criado entre la élite gracias a su alto cociente intelectual. Un día, un criminal que se ha escapado del centro penitenciario aparece en su ventana y Shion decide ayudarle. El resultado es que el criminal consigue escapar y Shion pierde su trato de favor. Sin embargo, consigue adaptarse a su nueva vida... hasta que una serie de extraños asesinatos empiezan a sucederse a su alrededor, el chico al que salvó hace 4 años reaparece, y el gobierno detiene a Shion como principal sospechoso de los asesinatos.