Shinichi Chiaki es uno de los mejores estudiantes de piano de su universidad, así como un excelente violinista pero su verdadero sueño es seguir los pasos de su mentor, Sebastiano Viera, y convertirse en un director de orquesta. Tras una disputa con su tutor de piano, Chiaki-san es transferido a las aulas de los "perdedores", donde conoce a Megumi Noda o Nodame, según se nombra ella cuando habla de si misma en tercera persona, una chica un tanto extravagante de segundo año que se especializa en el piano y con la que el protagonista entabla una extraña relación amistosa. La historia manifiesta una lucha interior de Chiaki-san en una búsqueda por labrarse su propio futuro profesional como director de orquesta intentando salvar su mayor inconveniente: su fobia a los aviones y a los barcos, que irremediablemente lo recluye en Japón y le impide viajar al extranjero para seguir su formación y para encontrarse con Viera.