La historia se desarrolla en un mundo futurista donde la humanidad se enfrenta a la amenaza de misteriosas criaturas llamadas "Ángeles". Para defenderse, la organización paramilitar NERV utiliza gigantes robots humanoides llamados "EVA" pilotados por jóvenes seleccionados. El protagonista, Shinji Ikari, es reclutado por su padre para pilotar el EVA-01 y unirse a la lucha contra los Ángeles. A medida que avanza la trama, se revelan secretos oscuros sobre los personajes y el propósito de los EVA. Shinji se encuentra en medio de complejas relaciones con otros pilotos, como Rei Ayanami y Asuka Langley Soryu, mientras lucha con su propia identidad y las consecuencias psicológicas de enfrentarse a los Ángeles. La serie explora temas profundos y psicológicos, como la soledad, la depresión, la identidad y la naturaleza de la existencia humana.