Siete magos conocidos como "Masters" convocan a unos poderosos familiares llamados "Servants" y todos se pelean entre sí hasta que quede solo uno. Se dice que el último que queda en pie alcanza el Santo Grial, concediéndole un deseo. Sólo unos pocos saben cuando esta guerra comenzó y lo que es el Santo Grial, pero la guerra está a punto de comenzar de nuevo este año. El personaje principal de la historia es Emiya Shirou, quien perdió a sus padres en un incendio y fue adoptado por un hombre que se llamaba a sí mismo un hechicero. Admirador de su padrastro, se ha estado entrenando para ser un brujo. Sin embargo, no tenía talento ya que apenas puede utilizar un tipo de brujería. Su padrastro ya ha fallecido, y hoy él es un mago sin ninguna habilidad o conocimiento. Emiya se involucra en la Guerra del Santo Grial cuando accidentalmente convoca a Saber, que se dice que es el mayor servant de todos...